Gia hạn hợp đồng gia công theo Thông tư 39 là thủ tục quan trọng giúp doanh nghiệp duy trì hoạt động sản xuất xuất khẩu ổn định, tránh gián đoạn chuỗi cung ứng. Việc thực hiện đúng quy định không chỉ đảm bảo tuân thủ pháp luật mà còn tối ưu hóa chi phí và thời gian. Doanh nghiệp cần nắm rõ các bước thực hiện để tránh sai sót không đáng có. Cùng ACAA GLOBAL tìm hiểu chi tiết trong bài viết dưới đây.

1. Tầm quan trọng của việc gia hạn hợp đồng gia công

Gia hạn hợp đồng gia công theo Thông tư 39 giúp doanh nghiệp tiếp tục thực hiện các hợp đồng đã ký kết mà không phải ký mới từ đầu. Theo Luật Hải quan 2014, hợp đồng gia công phải được quản lý chặt chẽ về thời hạn để đảm bảo hàng hóa tạm nhập tái xuất đúng quy định.

Việc gia hạn kịp thời còn hỗ trợ doanh nghiệp duy trì quan hệ với đối tác nước ngoài, tránh phát sinh chi phí lưu kho hoặc phạt vi phạm. Ngoài ra, thủ tục này góp phần nâng cao hiệu quả quản lý rủi ro hải quan cho cả doanh nghiệp và cơ quan nhà nước.

2. Điều kiện gia hạn hợp đồng gia công

Doanh nghiệp chỉ được gia hạn khi hợp đồng gốc còn hiệu lực và chưa hết hạn theo quy định. Thông tư 39/2018/TT-BTC quy định rõ thời hạn gia hạn không vượt quá thời gian còn lại của hợp đồng ban đầu.

Hợp đồng phải thuộc diện được phép gia công theo Luật Hải quan 2014, bao gồm các loại hình gia công cho thương nhân nước ngoài. Doanh nghiệp cần chứng minh lý do gia hạn là chính đáng, chẳng hạn do chậm trễ nguồn nguyên liệu hoặc thay đổi kế hoạch sản xuất. Việc đáp ứng đủ điều kiện giúp hồ sơ được cơ quan hải quan chấp thuận nhanh chóng.

Xem thêm: Mẫu công văn về việc thông báo phương án tiêu hủy phế liệu

3. Hướng dẫn Gia hạn hợp đồng gia công theo Thông tư 39

Doanh nghiệp thực hiện gia hạn hợp đồng gia công theo Thông tư 39 theo trình tự cụ thể để đảm bảo tính hợp pháp. Dưới đây là các bước chi tiết:

• Bước 1: Ký kết phụ lục hợp đồng gia công. Trước khi hợp đồng gia công gốc hết hiệu lực, doanh nghiệp Việt Nam và thương nhân nước ngoài tiến hành ký kết văn bản Phụ lục hợp đồng gia công. Nội dung bắt buộc phải thể hiện rõ: Số, ngày ký phụ lục và thời hạn hiệu lực mới kéo dài đến ngày/tháng/năm nào.
• Bước 2: Khai báo sửa đổi trên phần mềm Hải quan điện tử. Người khai hải quan sử dụng phần mềm (như ECUS5-VNACCS) để tạo lập hồ sơ. Bạn chọn chức năng “Khai báo sửa đổi, bổ sung thông tin hợp đồng/phụ lục gia công”, điền chính xác các chỉ tiêu thông tin về số phụ lục, ngày ký, và ngày hết hạn mới.
• Bước 3: Truyền dữ liệu và tiếp nhận tự động. Doanh nghiệp ký số và truyền trực tiếp dữ liệu phụ lục lên hệ thống của cơ quan hải quan. Hệ thống V5 sẽ tự động kiểm tra tính hợp lệ của cấu trúc dữ liệu và phản hồi số tiếp nhận phụ lục gần như tức thì. Bạn không cần mang hồ sơ giấy đến chi cục hải quan.
• Bước 4: Quản lý định mức và theo dõi năm tài chính. Sau khi hệ thống ghi nhận thời hạn mới, doanh nghiệp tiếp tục thực hiện việc nhập khẩu nguyên liệu (E21) và xuất khẩu thành phẩm (E52) bình thường. Toàn bộ số liệu dịch chuyển của phụ lục này sẽ được tổng hợp chung vào Báo cáo quyết toán (BCQT) khi kết thúc năm tài chính.

Xem thêm: Mẫu hợp đồng gia công phần mềm song ngữ

4. Thành phần hồ sơ cần lưu giữ và xuất trình khi kiểm tra

Theo cơ chế quản lý hải quan hiện hành (chuyển từ phê duyệt trước sang hậu kiểm và quản lý theo năm tài chính), doanh nghiệp không bắt buộc phải nộp hồ sơ giấy lên Chi cục Hải quan khi truyền dữ liệu điện tử. Tuy nhiên, doanh nghiệp có trách nhiệm lưu trữ đầy đủ bộ hồ sơ tại trụ sở để xuất trình khi cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan hoặc kiểm tra tình hình sử dụng nguyên phụ liệu:

• Hợp đồng gia công gốc và toàn bộ các phụ lục sửa đổi, bổ sung đã ký trước đó.

• Phụ lục hợp đồng gia công gia hạn thời hạn có đầy đủ chữ ký, con dấu của đại diện hợp pháp hai bên đối tác.

• Văn bản giải trình/thỏa thuận thương mại làm rõ lý do kéo dài thời hạn (ví dụ: đối tác chậm cung ứng nguyên liệu, thay đổi mẫu mã thành phẩm, thay đổi lịch giao hàng).

• Phiếu tiếp nhận thông tin phụ lục điện tử có phản hồi xác nhận thành công từ hệ thống V5/VNACCS.

• Bảng theo dõi cân đối nguyên vật liệu tồn kho tính đến thời điểm lập phụ lục gia hạn.

5. Những lưu ý trọng yếu doanh nghiệp cần tuân thủ

• Thời điểm ký kết và thông báo phụ lục: Phụ lục gia hạn bắt buộc phải được ký kết và truyền thông báo lên hệ thống hải quan trước thời điểm hợp đồng gia công gốc hết hạn. Nếu hợp đồng đã hết hiệu lực mà chưa thực hiện gia hạn, việc mở tờ khai nhập nguyên liệu (E21) hoặc xuất sản phẩm (E52) sẽ bị hệ thống chặn tự động.

• Đồng bộ với Báo cáo quyết toán (BCQT): Việc gia hạn thời hạn hợp đồng không làm thay đổi kỳ hạn nộp BCQT. Doanh nghiệp vẫn phải nộp Báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư và máy móc thiết bị theo năm tài chính chậm nhất là ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính.

• Xử lý nguyên phụ liệu và máy móc tạm nhập: Nếu hợp đồng hết hạn mà không gia hạn kịp, doanh nghiệp bắt buộc phải thực hiện thủ tục giải quyết nguyên phụ liệu dư thừa, phế liệu, phế phẩm và máy móc thiết bị tạm mượn (tái xuất, chuyển mục đích sử dụng nộp thuế, tiêu hủy hoặc chuyển tiếp sang hợp đồng gia công khác) trong thời hạn quy định.

• Tính nhất quán giữa bản giấy và khai báo điện tử: Thông tin số phụ lục, ngày ký kết và thời hạn gia hạn khai báo trên phần mềm ECUS5-VNACCS phải khớp hoàn toàn với văn bản phụ lục giấy lưu tại doanh nghiệp. Mọi sự sai lệch sẽ bị coi là khai báo sai thông tin hồ sơ hải quan và có thể bị xử phạt vi phạm hành chính.

6. Câu hỏi thường gặp

Gia hạn hợp đồng gia công theo Thông tư 39 có thể thực hiện bao nhiêu lần?

Trả lời: Số lần gia hạn phụ thuộc vào thời hạn còn lại của hợp đồng gốc và quy định cụ thể tại Thông tư 39/2018/TT-BTC. Doanh nghiệp cần tham khảo trực tiếp với cơ quan hải quan để xác nhận trường hợp của mình, đảm bảo không vượt quá giới hạn cho phép theo Luật Hải quan 2014.

Thời gian xử lý hồ sơ gia hạn mất bao lâu?

Trả lời: Theo quy định, cơ quan hải quan thường hoàn tất trong 5 ngày làm việc nếu hồ sơ đầy đủ và hợp lệ. Doanh nghiệp nên nộp sớm để có thời gian bổ sung nếu cần, giúp tránh ảnh hưởng đến tiến độ sản xuất.

Có cần nộp phí khi gia hạn hợp đồng gia công không?

Trả lời: Hoạt động khai báo phụ lục gia hạn hợp đồng gia công qua hệ thống Hải quan điện tử là hoàn toàn miễn phí. Doanh nghiệp không phải nộp bất kỳ khoản phí hay lệ phí hành chính nào cho cơ quan Hải quan khi thực hiện thủ tục này.

Hợp đồng gia công đã quá hạn hiệu lực thì có làm thủ tục gia hạn được không?

Không thể gia hạn theo cách thông thường. Khi hợp đồng đã quá hạn hiệu lực, hệ thống hải quan tự động khóa các chức năng liên kết tờ khai với số hợp đồng này. Trường hợp này, doanh nghiệp phải liên hệ trực tiếp với Chi cục Hải quan quản lý để giải trình nguyên nhân, chịu xử phạt vi phạm hành chính về thời hạn khai báo thông tin hợp đồng (nếu có vi phạm), sau đó mới được xem xét xử lý nguyên liệu tồn hoặc ký hợp đồng mới.

Gia hạn hợp đồng gia công có cần gia hạn luôn các văn bản chấp thuận của bộ, ngành (nếu hàng thuộc diện giấy phép) không?

Có. Nếu mặt hàng gia công thuộc danh mục quản lý chuyên ngành cần giấy phép nhập khẩu/xuất khẩu có thời hạn từ các Bộ liên quan (Bộ Công Thương, Bộ Quốc phòng, v.v.), doanh nghiệp bắt buộc phải xin gia hạn hoặc cấp mới văn bản cho phép/giấy phép trước khi thực hiện gia hạn hợp đồng gia công tại cơ quan hải quan.

Khi gia hạn hợp đồng gia công, doanh nghiệp có phải thông báo lại cơ sở sản xuất hay định mức tiêu hao không?

Nếu việc gia hạn chỉ đơn thuần kéo dài thời gian thực hiện mà không thay đổi địa điểm sản xuất hay quy trình kỹ thuật, doanh nghiệp không phải nộp lại thông báo cơ sở sản xuất. Định mức thực tế vẫn được quản lý nội bộ và báo cáo tổng hợp vào cuối năm tài chính trong Báo cáo quyết toán.

Gia hạn hợp đồng gia công theo Thông tư 39 giúp doanh nghiệp duy trì hoạt động kinh doanh hiệu quả và tuân thủ pháp luật. Để được hỗ trợ chi tiết và thực hiện thủ tục nhanh chóng, hãy liên hệ ACAA GLOBAL ngay hôm nay.