Việc xác định sai cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (GCNĐKĐT) là nguyên nhân hàng đầu khiến 30% hồ sơ của doanh nghiệp bị từ chối hoặc kéo dài thời gian chờ đợi. Trong bối cảnh các quy định pháp lý về đầu tư năm 2026 có nhiều thay đổi quan trọng theo Nghị định 96/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp cần nắm rõ mình thuộc diện quản lý của cơ quan nào. Bài viết dưới đây của ACAA Global sẽ cung cấp lộ trình chính xác nhất giúp bạn tối ưu quy trình pháp lý ngay từ bước đầu tiên.

1. Phân cấp thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận đầu tư mới nhất

Căn Điều 27 Luật Đầu tư 2025 quy định thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư từ 01/3/2026 thuộc cơ quan sau:

• Ban quản lý khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư đối với dự án đầu tư trong khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung, khu kinh tế, trừ trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 27 Luật Đầu tư 2025.
• Sở Tài chính cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư đối với dự án đầu tư ngoài khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế, trừ trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 27 Luật Đầu tư 2025.
• Cơ quan đăng ký đầu tư nơi nhà đầu tư thực hiện dự án đầu tư đặt hoặc dự kiến đặt văn phòng điều hành để thực hiện dự án đầu tư cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư đối với dự án đầu tư sau đây:

• Dự án đầu tư thực hiện tại 02 đơn vị hành chính cấp tỉnh trở lên;
• Dự án đầu tư thực hiện ở trong và ngoài khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao và khu kinh tế;
• Dự án đầu tư trong khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung, khu kinh tế nơi chưa thành lập Ban quản lý khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế.

• Cơ quan tiếp nhận hồ sơ dự án đầu tư là cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, trừ trường hợp dự án quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều 25 của Luật Đầu tư 2025..

2. So sánh thẩm quyền cấp phép dựa trên địa điểm thực hiện dự án

Để giúp nhà đầu tư dễ dàng xác định, dưới đây là bảng so sánh thẩm quyền cấp giấy chứng nhận đầu tư theo địa điểm dự án, dựa trên Nghị định 96/2026/NĐ-CP:

Bảng này nhấn mạnh sự phân cấp rõ ràng, giúp tránh nhầm lẫn và rút ngắn thời gian xử lý.

3. Điều kiện và Thủ tục xin cấp Giấy chứng nhận đầu tư

3.1. Điều kiện cần đáp ứng

Để được cấp GCNĐKĐT, nhà đầu tư phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo Luật Đầu tư 2025, bao gồm chứng minh dự án phù hợp với quy hoạch quốc gia và không thuộc danh mục cấm đầu tư.

Thẩm quyền cấp chỉ được thực hiện khi hồ sơ đầy đủ, chẳng hạn đề xuất dự án đầu tư, giấy tờ chứng minh năng lực tài chính và cam kết bảo vệ môi trường. Nghị định 96/2026/NĐ-CP quy định dự án phải có tính khả thi kinh tế, không gây hại đến an ninh quốc gia và tuân thủ các tiêu chuẩn lao động. Ví dụ, đối với dự án nước ngoài, nhà đầu tư cần cung cấp thêm giấy phép thành lập doanh nghiệp hoặc tài liệu tương đương từ quốc gia gốc.

Việc kiểm tra điều kiện này được thực hiện bởi cơ quan có thẩm quyền, giúp đảm bảo chất lượng đầu tư bền vững. Nếu thiếu một trong các điều kiện trên, hồ sơ có thể bị từ chối, dẫn đến mất cơ hội ưu đãi thuế hoặc đất đai. Do đó, nhà đầu tư nên chuẩn bị kỹ lưỡng, tham khảo ý kiến chuyên gia để tăng tỷ lệ thành công lên đến 90% theo các báo cáo từ Bộ Tài chính.

3.2. Hồ sơ cần chuẩn bị theo Nghị định 96/2026/NĐ-CP

Hồ sơ bao gồm: Đề xuất dự án đầu tư; Giấy tờ pháp lý cá nhân/tổ chức; Báo cáo đánh giá tác động môi trường nếu áp dụng; Chứng minh năng lực tài chính. Tất cả được nộp qua Cổng thông tin quốc gia về đăng ký đầu tư.

3.3. Quy trình cấp giấy chứng nhận đầu tư và thời gian xử lý

Quy trình cấp GCNĐKĐT được thiết kế đơn giản hóa theo Nghị định 96/2026/NĐ-CP, nhằm hỗ trợ nhà đầu tư nhanh chóng đi vào hoạt động. Thẩm quyền cấp được thực thi qua các bước cụ thể, bắt đầu từ nộp hồ sơ trực tuyến hoặc trực tiếp tại cơ quan đăng ký đầu tư.

Bước 1: Chuẩn bị và nộp hồ sơ

Nhà đầu tư cần thu thập đầy đủ tài liệu như đề xuất dự án, giấy tờ pháp lý và báo cáo đánh giá tác động môi trường nếu áp dụng. Hồ sơ được nộp qua Cổng thông tin quốc gia về đăng ký đầu tư, giúp theo dõi tiến độ thời gian thực. Thời hạn xử lý ban đầu là 15 ngày làm việc, và cơ quan có thẩm quyền sẽ kiểm tra tính hợp lệ ngay lập tức. Nếu hồ sơ thiếu, họ sẽ yêu cầu bổ sung trong vòng 3 ngày, tránh tình trạng từ chối toàn bộ.

Bước 2: Thẩm định và phê duyệt

Sau khi nhận hồ sơ, cơ quan thẩm quyền tiến hành thẩm định nội dung dự án, bao gồm đánh giá rủi ro và tính khả thi. Đối với dự án phức tạp, có thể cần lấy ý kiến từ các bộ ngành liên quan trong vòng 10 ngày. Luật Đầu tư 2025 quy định quyết định cấp phải được ban hành trong 15 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, đảm bảo tính minh bạch. Nếu dự án thuộc diện ưu đãi, cơ quan sẽ tích hợp thêm các điều khoản hỗ trợ vào giấy chứng nhận.

Bước 3: Cấp giấy chứng nhận và theo dõi

Sau phê duyệt, giấy chứng nhận đầu tư được cấp dưới dạng điện tử hoặc bản cứng, kèm theo mã số đăng ký. Nhà đầu tư nhận kết quả qua đường bưu điện hoặc trực tiếp, và bắt đầu thực hiện dự án trong thời hạn quy định. Cơ quan có thẩm quyền sẽ giám sát việc thực hiện, có quyền điều chỉnh hoặc thu hồi nếu vi phạm. Toàn bộ quy trình thường mất từ 30-45 ngày, tùy thuộc vào quy mô dự án, giúp Việt Nam duy trì vị thế hấp dẫn với nhà đầu tư quốc tế.

Điểm mới: Theo Nghị định 96/2026/NĐ-CP, quy trình nộp hồ sơ đã được số hóa 100%. Nhà đầu tư có thể sử dụng chữ ký số và nhận kết quả bản điện tử có giá trị tương đương bản giấy. Cảnh báo: Đối với các dự án thuộc lĩnh vực "Công nghệ số tập trung" (mới được bổ sung), thẩm quyền có thể chuyển giao từ Ban quản lý khu công nghiệp sang các cơ quan quản lý chuyên ngành tùy theo quy mô.

>> Đọc thêm: Dịch vụ làm giấy chứng nhận đầu tư

4. Những lưu ý quan trọng để tránh bị trả hồ sơ

Việc nắm vững thẩm quyền cấp giấy chứng nhận đầu tư mang lại lợi ích lớn lao cho nhà đầu tư, từ tối ưu hóa thời gian đến giảm chi phí hành chính.

Theo Luật Đầu tư 2025, sự phân cấp thẩm quyền giúp địa phương linh hoạt hơn trong việc thu hút vốn, đặc biệt ở các tỉnh công nghiệp hóa nhanh như Bình Dương hay Đồng Nai. Nhà đầu tư nước ngoài có thể tận dụng các ưu đãi thuế lên đến 4 năm miễn thuế thu nhập doanh nghiệp nếu chọn đúng cơ quan như Ban Quản lý khu kinh tế.

Nghị định 96/2026/NĐ-CP nhấn mạnh rằng sai sót trong việc chọn cơ quan có thể dẫn đến mất 20-30% thời gian dự án, ảnh hưởng đến lợi nhuận. Hơn nữa, việc tuân thủ đúng thẩm quyền còn nâng cao uy tín pháp lý của doanh nghiệp, dễ dàng tiếp cận vốn vay ngân hàng hoặc đối tác quốc tế.

 Trong bối cảnh Việt Nam hội nhập CPTPP và EVFTA, hiểu rõ vấn đề này giúp nhà đầu tư cạnh tranh hiệu quả hơn, tránh các rào cản hành chính không cần thiết. Các nghiên cứu từ Ngân hàng Thế giới cho thấy, các quốc gia có quy trình đăng ký đầu tư rõ ràng như Việt Nam thu hút FDI tăng 15% hàng năm.

>> Đọc thêm: Dịch vụ tư vấn đầu tư

5. Câu hỏi thường gặp

Có thể nộp hồ sơ xin giấy chứng nhận đầu tư tại UBND huyện không?

Không. Thẩm quyền hiện nay tập trung tại cấp Tỉnh hoặc Ban quản lý các khu chuyên biệt.

Dự án FDI quy mô dưới 100 tỷ đồng nộp ở đâu?

Nếu ngoài khu công nghiệp, bạn nộp tại Phòng Đăng ký đầu tư – Sở Tài chính tỉnh/thành phố nơi thực hiện dự án.

Thời gian cấp GCNĐKĐT theo quy định mới là bao lâu?

Thông thường là 15 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ.

Giấy chứng nhận đầu tư có thời hạn bao lâu?

Giấy chứng nhận đầu tư được cấp theo thời hạn phù hợp với quy mô dự án, thường từ 5 đến 50 năm theo Luật Đầu tư 2020. Thời hạn này có thể gia hạn nếu nhà đầu tư nộp đơn trước khi hết hạn ít nhất 3 tháng.

Làm thế nào nếu hồ sơ bị từ chối cấp giấy chứng nhận đầu tư?

Nếu hồ sơ bị từ chối, cơ quan có thẩm quyền phải thông báo lý do bằng văn bản trong vòng 3 ngày theo Nghị định 96/2026/NĐ-CP. Nhà đầu tư có quyền khiếu nại lên cấp cao hơn hoặc bổ sung hồ sơ để nộp lại.

Dự án đầu tư nước ngoài có khác biệt gì về thẩm quyền cấp?

Đối với dự án đầu tư nước ngoài, thẩm quyền cấp giấy chứng nhận đầu tư vẫn theo phân cấp chung, nhưng cần thêm kiểm tra an ninh theo Luật Đầu tư 2020.

Thẩm quyền cấp giấy chứng nhận đầu tư đóng vai trò quan trọng trong việc thúc đẩy môi trường kinh doanh lành mạnh tại Việt Nam, giúp nhà đầu tư tự tin triển khai dự án. Để nhận hỗ trợ chuyên sâu và tư vấn miễn phí, hãy liên hệ ACAA GLOBAL ngay hôm nay.